Els efectes de la Guerra Civil sobre la BPEB i el Seminari Conciliar foren diversos i dramàtics quant a pèrdua de patrimoni. Sabem, per exemple, que es van cremar diverses sales, i també sabem que la Generalitat republicana va confiscar bona part dels fons més valuosos, per a traslladar-los a la Biblioteca de Catalunya i protegir-los davant de possibles desastres. Fons que foren retornats l’any 1943.
Fins ara només teníem proves documentals de tots aquests fets. Però el que no sabíem és que altres fons de la biblioteca també es van dispersar –suposadament– durant la Guerra, i que foren retornats un cop passada la contesa. Així ho constata una carta, amb data 21 de febrer de 1941 i adreçada al bisbe, de Fernando Martí, vocal bibliotecari del Centro Cultural del Ejército y la Armada a Barcelona.
El Sr. Martí expressa que “me complazco en manifestar a V. E. que en la Biblioteca de este Centro se encuentran depositado[s] los libros que se detallan en la adjunta relación y que según un sello que tienen son propiedad de la Biblioteca del Seminario de este Obispado. Lo que me honro comunicarle a V. E. Rvdma, quedando dichos libros a su disposición”. Desconeixem com van arribar fins aquella biblioteca, i encara menys qui els hi portà. Però podem deduir amb força seguretat que podria haver estat una pràctica habitual durant aquells anys.
En la relació adjunta hi figuren 8 exemplars, datats entre 1599 i 1608; tot ells eren llibres sobre metafísica, amb una important presència del filòsof i teòleg jesuita Francisco Suárez. Els vuit exemplars ens van recollir el 27 de febrer de 1941.