Fill de La Rioja, el jove Ezequiel va entrar als agustins recol·lectes de Monteagudo, Navarra. La congregació el va enviar a les missions de les Filipines, on va ser ordenat sacerdot. Empès per una gran voluntat de servei, va demanar ser enviat a Colòmbia per restaurar una província recol·lecta del sud del país. Allà va predicar i va administrar els sagraments enmig de dificultats de tota mena, i es va entregar als més pobres. A causa del seu zel apostòlic, el 1894 va ser nomenat bisbe de Pasto, quan aquesta diòcesi es veia sacsejada per la inestabilitat social i política i per un anticlericalisme naixent. Sant Ezequiel Moreno va maldar per acollir tots els fidels fins que, aclaparat per les circumstàncies, va presentar la renúncia. Tanmateix, el Papa no la va acceptar i va haver de continuar com a pastor amb una abnegació total. Finalment, la mala salut el va obligar a tornar a la seva primera comunitat, Monteagudo, on va morir de càncer. Va ser canonitzat per Joan Pau II el 1992.